明领基因--病毒防控系统

病毒检测
进化和传播分析
新冠全长检测

病毒的快速检测 – 利用blast等功能，快速准确地完成相关病毒的检测工作，为后续进化分析打下基础。

病毒分型

输入病毒序列或输入序列文件，系统通过序列比对，可以确定不同病毒株的类型。

主要步骤

病毒分型结果

比对片段区域

详细结果查看

结果展示

重组分析

将病毒基因组片段比对到不同的病毒株的参考基因组中，根据不同病毒株的相似程度判断该病毒基因组是否存在重组。

分析完成后，将显示序列覆盖在标准病毒基因组上的区域和长度。分析结果课切割成自定义长度的等长窗口片段，片段相似性最高的病毒株基因组判断为该片段的亚型。

进化分析和传播途径分析 – 以生物大数据计算方式，通过AI建模分析手段，从时间、空间等多维度分析病毒的宿主与序列信息、追溯病毒起源，结合传染病学其他传统分析方法验证，推断其传播情况，有效缩减传染病排查范围，并预测传播方向，全面提升传染病管控效率。

Trace

精准传播群体打击：通过遗传距离估算，解决流行病学联系伙伴链的发现，以此来推断传播集群。

结果展示

传播路径分析

利用不同时间，地点采集病毒的序列，微观上分析病毒的进化关系传播路径并在宏观上验证。通过现有理论框架对病毒的祖先和可能的进化方向做出计算和预测，避免了人工推演带来的主观因素和经验不足带来的错误，从新的角度为病毒传播的研究提供了一种新的解释，同时也是对传统流行病学调查的补充和验证。

进化速率（分子种）分析

利用病毒株全基因组序列或局部序列，可以进行病毒基因组或特定基因的进化速率计算，从而推断病毒对环境的适应性及潜在的致病性变化，为未来的防疫措施提供指导。

计算步骤示意图

结果展示

产品描述

2019新型冠状病毒SARS-CoV-2属于单链RNA病毒，基因组序列全长29903bp。新冠病毒检测是新冠肺炎疫情防控中的重要一环，其检测类型主要包括核酸检测和免疫检测。其中，核酸检出是唯一确诊依据，免疫检测是对核酸检测的协同和补充。

明领基因基于自主知识产权的genones®多重PCR扩增捕获技术，致力于病毒变异监测、低丰度病毒样本检测和宿主溯源等重要问题的解决，目前已推出基于多重PCR技术平台的新型冠状病毒 SARS-CoV-2 核酸检测试剂盒，助力疫情监测及科学研究使用。

产品特点

	新冠全长多重试剂盒
参考基因组	NC_045512
覆盖率	设计覆盖率为99.93%（设计区域50-29853）
使用样本	鼻咽拭子、深咳痰液、肺泡灌洗液、肺组织活检标本等
灵敏度	Ct值<38
分型结果	配合公司提供的组装软件算法，能够鉴定国内外最新的新冠病毒分型。
测序平台	Illumina & MGI
文库构建周期	4.5h/48 samples

新冠全长多重试剂盒的数据表现

高灵敏度。使用新冠全长标准品 (购自菁良基因，货号为 TEST09 )，进行稀释，220 拷贝以上，100X 覆盖率高于 99%；22 拷贝以上，1X 覆盖率都能达到 100%，平均测序深度 1000x 以上，灵敏度高。

表1 新冠全长试剂盒标准品灵敏度的数据表现

样本名称	起始量（拷贝数）	原始数据(Mb)	数据有效率(%)	比对率(%)	捕获率(%)	1X 覆盖率（%）	平均测序深度	100X 覆盖率（%）	20%平均测序深度覆盖率(%)
B01	22000	77.88	95.49	96.94	100	100	2461.28	99.23	93.31
B02	2200	169.35	95.54	95.53	100	100	5325.76	99.21	96.66
B03	220	160.6	75.46	66.18	100	100	3471.37	99.35	96.68
B04	22	212.26	46.43	22.3	100	100	1521.07	98.21	79.77
B05	2	218.76	37.41	8.66	100	98.99	606.28	92.59	80.63

图1. 使用 11 例新冠阳性样本进行测序，平均测序深度均在4000X 以上

图2. Ct 值 34-38，1X 覆盖率所有新冠阳性样本都能达到 100%，均一性高达 97% ，数据指标优异

发表文章

1. Zhu M , Shen J , Zeng Q , et al. Molecular Phylogenesis and Spatiotemporal Spread of SARS-CoV-2 in Southeast Asia[J]. Frontiers in Public Health, 2021, 9:685315.