- 病毒检测
- 进化和传播分析
- 新冠全长检测
病毒的快速检测 – 利用blast等功能,快速准确地完成相关病毒的检测工作,为后续进化分析打下基础。
病毒分型
输入病毒序列或输入序列文件,系统通过序列比对,可以确定不同病毒株的类型。
主要步骤
病毒分型结果
比对片段区域
比对片段区域
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重组分析
将病毒基因组片段比对到不同的病毒株的参考基因组中,根据不同病毒株的相似程度判断该病毒基因组是否存在重组。
分析完成后,将显示序列覆盖在标准病毒基因组上的区域和长度。分析结果课切割成自定义长度的等长窗口片段,片段相似性最高的病毒株基因组判断为该片段的亚型。
进化分析和传播途径分析 – 以生物大数据计算方式,通过AI建模分析手段,从时间、空间等多维度分析病毒的宿主与序列信息、追溯病毒起源,结合传染病学其他传统分析方法验证,推断其传播情况,有效缩减传染病排查范围,并预测传播方向,全面提升传染病管控效率。
Trace
精准传播群体打击:通过遗传距离估算,解决流行病学联系伙伴链的发现,以此来推断传播集群。
结果展示
传播路径分析
利用不同时间,地点采集病毒的序列,微观上分析病毒的进化关系传播路径并在宏观上验证。通过现有理论框架对病毒的祖先和可能的进化方向做出计算和预测,避免了人工推演带来的主观因素和经验不足带来的错误,从新的角度为病毒传播的研究提供了一种新的解释,同时也是对传统流行病学调查的补充和验证。
进化速率(分子种)分析
利用病毒株全基因组序列或局部序列,可以进行病毒基因组或特定基因的进化速率计算,从而推断病毒对环境的适应性及潜在的致病性变化,为未来的防疫措施提供指导。
计算步骤示意图
结果展示
产品描述
2019新型冠状病毒SARS-CoV-2属于单链RNA病毒,基因组序列全长29903bp。新冠病毒检测是新冠肺炎疫情防控中的重要一环,其检测类型主要包括核酸检测和免疫检测。其中,核酸检出是唯一确诊依据,免疫检测是对核酸检测的协同和补充。
明领基因基于自主知识产权的genones®多重PCR扩增捕获技术,致力于病毒变异监测、低丰度病毒样本检测和宿主溯源等重要问题的解决,目前已推出基于多重PCR技术平台的新型冠状病毒 SARS-CoV-2 核酸检测试剂盒,助力疫情监测及科学研究使用。
产品特点
|
新冠全长多重试剂盒 |
参考基因组 |
NC_045512 |
覆盖率 |
设计覆盖率为99.93%(设计区域50-29853) |
使用样本 |
鼻咽拭子、深咳痰液、肺泡灌洗液、肺组织活检标本等 |
灵敏度 |
Ct值<38 |
分型结果 |
配合公司提供的组装软件算法,能够鉴定国内外最新的新冠病毒分型。 |
测序平台 |
Illumina & MGI |
文库构建周期 |
4.5h/48 samples |
新冠全长多重试剂盒的数据表现
高灵敏度。使用新冠全长标准品 (购自菁良基因,货号为 TEST09 ),进行稀释,220 拷贝以上,100X 覆盖率高于 99%;22 拷贝以上,1X 覆盖率都能达到 100%,平均测序深度 1000x 以上,灵敏度高。
表1 新冠全长试剂盒 标准品灵敏度的数据表现
样本名称 |
起始量 |
原始数据(Mb) |
数据有效率(%) |
比对率(%) |
捕获率(%) |
1X 覆盖率(%) |
平均测序深度 |
100X 覆盖率(%) |
20%平均测序深度覆盖率(%) |
B01 |
22000 |
77.88 |
95.49 |
96.94 |
100 |
100 |
2461.28 |
99.23 |
93.31 |
B02 |
2200 |
169.35 |
95.54 |
95.53 |
100 |
100 |
5325.76 |
99.21 |
96.66 |
B03 |
220 |
160.6 |
75.46 |
66.18 |
100 |
100 |
3471.37 |
99.35 |
96.68 |
B04 |
22 |
212.26 |
46.43 |
22.3 |
100 |
100 |
1521.07 |
98.21 |
79.77 |
B05 |
2 |
218.76 |
37.41 |
8.66 |
100 |
98.99 |
606.28 |
92.59 |
80.63 |
图1. 使用 11 例新冠阳性样本进行测序,平均测序深度均在4000X 以上
图2. Ct 值 34-38,1X 覆盖率所有新冠阳性样本都能达到 100%,均一性高达 97% ,数据指标优异
发表文章
1. Zhu M , Shen J , Zeng Q , et al. Molecular Phylogenesis and Spatiotemporal Spread of SARS-CoV-2 in Southeast Asia[J]. Frontiers in Public Health, 2021, 9:685315.